单位：天津医科大学
研究方向： 微生物学
社会任职
主要从事微生物比较基因组学、宏基因组学及群体遗传学等相关领域研究，熟悉病毒、细菌、真菌等微生物组生物信息学分析流程。目前主持科技部国家重点研发计划项目（中国健康人微生物组库和特征解析）、博士后面上项目、天津市自然科学基金青年基金项目各1项；目前已在Int J Biol Macromol，Nature communications等国际知名期刊以第一或通讯作者身份发表SCI论文20余篇。
个人官方主页：https://orcid.org/my-orcid?orcid=0000-0003-2483-0300
个人介绍
Zoonoses期刊青年编委，任期2年
Microbiome Research Reports (MRR)期刊青年编委，任期2年
Med Research 期刊青年编委
The innovation Life期刊青年编委
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[学者论文]
作者：
王亚楠，许学斌，贾书磊，曲梦琪
《Nature communications》2025年 16卷 1期
摘要：在这里，我们分析了1900年至2023年间148个国家/地区208233个沙门氏菌基因组的公开数据，并探讨了AMR的驱动指标。总体而言，我们发现AMR的地理分布因位置、来源和血清型而异。AMR水平的比例在六大洲都有所增加，特别是在血清型Agona、Dublin、I 1,4、[5]、12:I:-、Muenchen、Senftenberg、Mbandaka，主要来自鸡、食物、野生动物和环境，而在Schwarzengrund和圣保罗，主要来自牛、猪和火鸡。我们还发现，早在1992年，美国就发现了表现出宏观、红色、干燥和粗糙的鼠伤寒沙门氏菌，比中国早。此外，我们发现抗生素消费、农业、气候、城市、健康和社会经济因素都会导致沙门氏菌AMR的发展。我们展示了一个全球高分辨率的沙门氏菌遗传图谱，并确定了一些推动AMR上升的因素，这可以为理解沙门氏菌的传播动力学和进化轨迹提供有价值的信息。
关键词：微生物学、数据挖掘、细菌基因组学、抗菌素耐药性方面的政策和公共卫生
浏览量: 54 下载: 0 发表时间：2025/5/17 0:00:00
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[学者论文]
作者：
Jing Yang , Siqi Sun , Ning Sun , Li Lu , Chengwu Zhang , Wanyu Shi , Yunhe Zhao , Shulei Jia
《Int J Biol Macromol》2024年 283卷 Pt 2期
摘要：人体微生物组包含各种具有重要生物学功能的微生物大分子。隐马尔可夫模型（HMM）可以克服具有距离关系的低相似性序列的问题，并在各种序列比对软件中得到广泛应用。然而，基于HMM的序列比对可以产生大量结果，如何快速筛选和批量提取微生物组中的靶同源物是主要的难点。有必要开发一个集成的基因过滤器和提取管道，以快速准确地筛选同源物。在这里，我们介绍了用于氨基酸或核苷酸序列提取的HMMER Extractor，它是一个通过提供过滤分数和迭代关键字匹配（IKM）逻辑的支持工具包。为了使其更加用户友好和易于访问，我们进一步提出了一个可视化的web服务器平台。交互式HTML输出提供了一种用户友好的方式来浏览同源注释和序列提取。网络服务器为社区提供了一个简化和用户友好的界面来分析微生物组。通过HMMER Extractor，我们基于46699个人类肠道细菌基因组构建了大分子代谢产物三甲胺（TMA）和脂多糖（LPS）的心血管疾病相关基因数据集。分别鉴定出约21014和1961株细菌菌株含有TMA的cnt或切割操纵子和LPS的waa基因簇。大肠杆菌在所有细菌种类中所占比例最大，属于厚壁菌门。HMMER Extractor工具包是一个集成的管道，已被证明在从微生物基因组中提取目标大分子编码基因方面准确快速。
关键词：隐马尔可夫模型；关键词逻辑；大分子代谢物；同源基因；阈值
浏览量: 58 下载: 0 发表时间：2024/12/1 0:00:00
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[学者论文]
作者：
贾书磊1
《Crit Rev Biotechnol》2020年 40卷 6期
摘要：本文综述了红树林真菌及其在红树林生态系统中的生态作用、生物制品和潜在应用。红树林生态系统可以在海滩保护、促进增生以及保护海岸线和溪流方面发挥重要作用，作为抵御毁灭性热带风暴和海浪、海水和空气污染的屏障。生态系统的特点是平均温度高、盐度高、风力强、土壤呈厌氧泥质。红树林生态系统还为真菌的定殖提供了独特的栖息地，真菌可以产生不同种类的酶用于工业用途、生态系统中动植物的循环利用以及污染物的降解。许多红树林生态系统相关真菌还可以产生胞外多糖、Ca2+葡萄糖酸、聚天冬氨酸、liamocin、多不饱和脂肪酸、生物燃料、木糖醇、酶和生物活性物质，这些物质在生物能源、食品、农业和制药工业中具有许多潜在的应用。因此，红树林生态系统是生物工业和生态的丰富生物资源。有必要鉴定更多的红树林真菌并对其进行基因编辑，以产生一系列独特的新型化学实体、酶和生物活性物质。
关键词：短梗霉；红树林生态系统；应用；生物活性物质；酶；红树林真菌；天然产物
浏览量: 45 下载: 0 发表时间：2020/9/1 0:00:00